1. По данным деклараций.
Как отношение суммы вычетов по НДС, указанных во всех декларациях за период к сумме начисленного НДС в этих же декларациях.
Доля вычетов по НДС = (Сумма строк 340 гр.4 /Сумма строк 180 гр.6 )*100%.
Или
2. По данным бухгалтерского учета.
Как отношение дебетового оборота по сч.68-НДС (исключая корреспонденцию, отражающую оплату) к кредитовому обороту по сч.68-НДС за период, умноженное на 100%.